Музей Скаржинської мав чітко виражений історико-краєзнавчий профіль, вів широку збирацьку, культурно-освітню, дослідницьку й видавничу роботу. Займав спеціально споруджений двоповерховий флігель, для нього були виготовлені спеціальні вітрини і стенди. Вівся облік відвідувачів і екскурсійних груп. За три роки (1898—1901) музей відвідало 1228 чол. Налічувалось 20 тис. експонатів (археології — близько З тис. од. зб., історії — 5178 од., етнографії — 9533 од., природознавства — 3836 од.). Серед них — численні археологічні знахідки з Полтавщини, Харківщини, Криму, природничі колекції з інших країн, колекція античної кераміки, зброї 16—19 ст., церковних старожитностей, речей побуту, особисті речі та автографи Є. П. Гребінки, Г. С. Сковороди, О. В. Суворова. Музей мав багатий архів, який складали родові документальні збірки Леонтовичів, Кир'якових, Ограновичів, Райзерів та інших. Його книгозбірня налічувала 4 тис. томів. Діяла народна читальня. З колекціями музею працював ряд відомих дослідників та діячів вітчизняної культури В. Б. Антонович, В. П. Горленко, Ф. К. Вовк, С. К. Кулжинський, Г. І. Нарбут, Д. І. Яворницький та інші. Першим хранителем музею Скаржинської був археолог і краєзнавець Ф. І. Камінський. Камінський подарував музею власні колекції знахідок. Після його смерті (1891) завідувачем музею став С. К. Кулжинський. До музею надійшли також речі, подаровані жителями Лубенського повіту, родичами К. М. Скаржинської. Серед них — П. Я. Армашевського, Ф. І. Дейкуна, С. М. і Ф Н. Ізмайлових, І. А. Зарецького, Г. С. та А. Г. Кир'якових, І. М. та В. М. Леонтовичів. Скаржинська активно пропагувала своє зібрання, маючи на меті створення міського музею в Лубнах. Листування з Катериною Миколаївною та завідувачем музею вели багато істориків, археологів, краєзнавців — В. Б. Антонович, Д. І. Багалій, М. Ф. Біляшівський, О. О Бобринський, К. В. Болсуновський, В. П. Горленко, І. А. Зарецький, В. Г. Ляскоронський, М. О. Олеховський, О. А. Спіцин, М. Ф. Сумцов, П. С. Уварова, К. М. Феофілактов, Д. І. Яворницький. Музей Скаржинської вів арх'еологічні дослідження курганів та поселення в урочищі Лиса Гора під Лубнами, Гінцівської стоянки та ін. пам'яток, проводив геологічні обстеження. Серед виданих праць — книги К. ГІ. Бочкарьова «Очерки Лубенской старины» (М., 1901) та С. К. Кулжинського «Описание коллекции народных писанок музея Е. Н. Скаржинской (М., 1895).

З початком революції 1905—1907 рр., Катерина Миколаївна, виїжджаючи за кордон, вирішила подарувати свій музей Лубнам за умови, щоб місто «визнало її довічне право» на участь в організації і наступному спрямуванні діяльності цього закладу, а також побудувало для музею спеціальний будинок. Міська дума не визнала за можливе прийняти такий дарунок, — він був переданий у 1906 р. Музею Полтавського губернського земства. Ряд мистецьких творів зберігається у Полтавському художньому музеї, архів музею — в Архіві Полтавської області.