Походив з переяславського міщанського роду. Швагер Б. Хмельницького (сестра Ганна була першою дружиною гетьмана). Сотник Переяславського полку (1654 р.), наказний полковник переяславський (1658 р.). Після Слободищенської угоди Ю. Хмельницького з Польщею (1660 р.) виступив проти гетьмана. На козацькій раді в Переяславі 1660 р. був обраний переяславським полковником і наказним гетьманом Лівобережжя. Виступаючи проти Польщі, Я. Сомко був також невдоволений з московської політики в України. Він прагнув зберегти цілісність і самостійність козацької держави під своєю булавою. Це викликало недовір'я й ворожість Москви, а також опозицію частини лівобережної старшини на чолі з ніжинським полковником В. Золотаренком. На Козелецькій старшинській раді у 1662 р. Я. Сомко був обраний гетьманом, але Москва не затвердила цієї ухвали. Ситуацією скористався «запорозький гетьман» І. Брюховецький. Заручившись підтримкою царського уряду, він заволодів гетьманською булавою на чорній раді 1663 р. Я. Сомко був ув'язнений і невдовзі страчений з товаришами у Борзні.